Nakon neuspjelog pokušaja NERV-a da povrati Koplja Longina i provede Projekt komplementacije čovječanstva, uništenje uzrokovano Četvrtim udarom uvelike je izbjegnuto. U stanju potpunog rasula, Shinji Ikari, Asuka Langley Shikinami i Rei Ayanami putuju u Selo 3 — naselje preživjelih koje je ostalo netaknuto uništenjem Zemlje. Tamo se Shinji polako suočava sa svojom prošlošću, gradeći život potpuno drugačiji od onoga koji je vodio kao pilot Evangeliona. U međuvremenu, NERV se priprema za nastavak Projekta komplementacije putem novog Udara. Kada glavni zračni bojni brod organizacije WILLE stigne u selo, Shinji odlučuje stupiti na palubu, vjerujući da može pomoći pilotirajući Evangelionom. Dok se otkrivaju nove tajne, a bitka između organizacija WILLE i NERV približava, budućnost Zemlje visi o koncu. Može li Shinji spasiti čovječanstvo i ostatak svijeta po posljednji put?