Četrnaest godina nakon Trećeg udara, Zemlja je postapokaliptična pustoš, ljudska civilizacija je u ruševinama, a ljudi za koje Šinđi Ikari zna su gotovo neprepoznatljivi. Zarobljeni u Evangelion jedinici-01, iz svemira ga izvlače Asuka Langlei Shikinami i Mari Illustrious Makinami, da bi se našao kao zatvorenik VILLE-a, vojne frakcije koju vodi njegov bivši čuvar Misato Katsuragi. Hladni i ogorčeni, njegovi bivši saveznici gledaju ga sumnjičavo i odbijaju da ga podrže dok se pomiri sa posledicama svojih postupaka. Povređenog i zbunjenog Shinjija iz VILLE -a je spasio Rei Aianami i vratio ga u sedište NERV -a. Tamo upoznaje i brzo se sprijateljuje sa zagonetnom Kavoru Nagisom koja mu nudi toplinu i uvid u stanje rata NERV -a sa anđelima. Ali kratki predah Šinđija i Kavorua leži uoči nove bitke, u kojoj Šinđi otkriva da mu neprijatelji više nisu anđeli, već bivši drugovi. U ovom ogorčenom sukobu koji će odrediti budućnost sveta, Šinđi će iz prve ruke naučiti da se prošlost zaista ne može poništiti.