Naruto Shippuuden je nastavak prve regularne sezone Naruto- a, te se odvija nakon dvije i pol godine stanke. Naruto se vraća u Konohagakure selo te ondje susreće neke stare i upoznaje nove prijatelje te se suočava s novim protivnicima. Njegova je prva misija spasiti Gaara- u, Kazekage- a Sunagakure. Pritom se upušta u borbu s Akatsuki- ima, kriminalnom organizacijom koja je za sada jedan od glavnih nositelja radnje.