Devojke iz Mitakihare srećno žive svoje živote, povremeno se boreći protiv zla, ali osim toga, imaju mirnu, svakodnevnu rutinu. Međutim, Homura Akemi oseća da nešto smrdi u toj neobično prijatnoj atmosferi. Iako ostali nisu svesni toga, ona se ne može otarasiti sumnje da stvari nisu onakve kakve se čine na prvi pogled: neko ko ne bi trebalo da postoji je trenutno prisutan. Ovaj film, nastavak istoimenog serijala, prati Homuru, koja otkriva bolnu istinu koja se krije iza misterioznih okolnosti, i vodi sebičnu i očajničku borbu zarad svoje nepresušne ljubavi.