Madoka Kaname i Sajaka Miki su obične srednjoškolke koje žive normalnim životima, ali to se sve menja pri njihovom susretu sa Kjubejom, mačkolikim magičnim familijarem, i Homurom Akemi, novom učenicom na razmeni. Kjubej im nudi jednu pogodbu: ostvariće im bilo koju želju, a zauzvrat, one će postati magične devojke, dobijajući moći kojima mogu ostvariti svoje snove. Međutim, Homura Akemi, koja je i sama magična devojka, govori im da ne prihvataju tu ponudu, navodeći da ništa nije onakvo kakvo se čini. Ovo je priča puna nade, očaja i prijateljstava, koja govori o poteškoćama kroz koje prolaze magične devojke i ceni koju će morati da plate kako bi ostvarile svoje snove.