Vreme radnje filma je podešeno šest meseci nakon događaja iz originalne Yu-Gi-Oh! mange, Jugi Moto i njegovi prijatelji pohađaju poslednju godinu svoje srednje škole, i razgovaraju o tome šta će raditi u budućnosti. U međuvremenu, Seto Kaiba zahteva iskopovanje rasklopljene Hiljadugodišnje Zagonetke iz ruševina Hiljadugodišnje odaje. Ovaj predmet je prethodno sadržao dušu njegovog rivala, Atema, za kog se nada da će ga oživeti kako bi se borili u dvoboju, te tako rezultat rešili jednom i za svagda. <br /> Iskopovanje se prekida od strane misterioznog čoveka, koji se suočava sa Kaibom u igri dvoboja čudovišta, te krade dva dela zagonetke. Koji je zapravo njegov skriveni motiv? Ulozi nikada nisu bili veći; Rivalstvo nikada nije bilo tako žestoko; Rizik nikada nije bio toliko velik.