U svetu ispunjenim avionima i vazdušnim brodovima, Šita je devojčica koju su kidnapovali vladini agenti koji traže njenu misterioznu kristalnu amajliju. Dok je zarobljena na brodu, nigde ne pronalazi nadu sve dok brod ne napadnu pirati. Iskoristivši konfuziju koja je usledila, Šita uspeva da pobegne svojim otmičarima. Nakon tog bekstva upoznaje Pazua, dečaka koji sanja da stigne do legendarnog letećeg zamka, Lapute. Njih dvoje odlučuju da krenu na putovanje da pronađu taj zamak na nebu. Međutim, ubrzo im se vladini agenti opet nalaze za petama, jer i oni pokušavaju doći do Lapute zarad svojih pohlepnih želja. "Castle in the Sky" prati Šitine i Pazuove nebeske avanture, dok uče kako snovi i strašne okolnosti mogu zbližiti dvoje ljudi.