Priča počinje u dalekoj budućnosti u jednoj udaljenoj galaksiji. Ljudska organizacija Galaktički Savez se konstantno bori za opstanak protiv čudne rase bića zvanih "Hidijaze". Tokom napete bitke, mladi poručnik Ledo i njegov čovekoliki robot Čejmber su progutani u distorziju vremena i prostora. Kada se probudio iz veštački indukovane hibernacije, Ledo je shvatio da je dospeo na Zemlju, planetu davno izgubljenu. Na ovoj planeti koja je totalno poplavljena morima, ljudi žive na čitavoj floti ogromnih brodova, i spašavaju relikvije sa morskih dubina da bi preživeli. <br /> Ledo se našao na jednoj od flota koja se zove Gargantia. Bez ikakvog znanja o istoriji i kulturi ove planete, primoran je da živi pored Ejmi, petnaestogodišnje devojčice, koja služi na floti Gargantia kao kurir. Za Leda koji je celog života znao samo za borbu, ovi dani mira ne prestaju da ga iznenađuju.