Godina je 2015. Petnaest godina je prošlo otkako se odigrao Drugi udar, događaj koji je mogao izbrisati čitavo čovečanstvo. Ljudski rod, još uvek u šoku, suočava se sa novom opasnošću - čudovišnim bićima po imenu Anđeli. Gendo Ikari - vođa paravojne organizacije NERV, zadužene za odbranu od Anđela - poziva svog otuđenog četrnaestogodišnjeg sina Šindžija da se pridruži borbi za opstanak. <br /> Na insistiranje svog oca, doktorke Ricuko Akagi, i svoje buduće starateljke, kapetanke Misato Kacuragi, duševno nestabilni Šindži Ikari pristaje da bude pilot Jedinice 01 Evangeliona, humanoidnog robota koji predstavlja jedino efikasno oružje u borbi protiv Anđela. On se pridružuje svojoj saborkinji Rei Ajanami, pilotu Jedinice 00 Evangeliona, ne sluteći da njegov otac ima daleko ambicioznije planove.