Prošao je ceo vek od kako je "prava magija"—za koju se u početku mislilo da spada samo u bajke i legende—postala tehnologija proširena po celom svetu. Prva Srednja Škola pri Nacionalnom Univerzitetu magije, jedna od devet škola magije u Japanu, prima dvoje veštih učenika, Miyuki i Tatsuyu Shiba. Prva Srednja Škola na osnovu rezultata na prijemnom ispitu, deli svoje učenike na one sa Prvog, i one sa Drugog kursa. To izaziva očigledan prezir prema učenicima sa Drugog kursa, jer su oni okarakterisani kao "Korovi" od strane učenika sa Prvog kursa, koji sebe nazivaju "Cvetovima". Tatsuya je upisan na Drugi kurs, dok je njegova sestra Miyuki, upisana na Prvi kurs kao primeran učenik. Miyuki želi da pokaže Prvoj Srednjoj da je njen brat, uprkos tome što je viđen kao nesposoban, među najboljim magovima na svetu. "The Honor Student at Magic High School" je spin-off serijala "The Irregular at Magic High School" koji prepričava događaje iz ugla Miyuki i ostalih ženskih likova.