Godine 2059. kolonijalna flota pod nazivom "Macross Frontier" nastavlja svoj put ka centru galaksije u potrazi za naseljivom planetom. U trenutku kada se svi na Frontier-u spremaju za veliki koncert Galaktičke Vile, Šeril Nom, nepoznati tuđinski oblik života napada flotu. Mladi pilot, Saotome Alto, moraće da savlada strah i upravlja Valkiriom, specijalnim tranformabilnim lovcem, kako bi spasao Ranku, nedužnu devojku koja je samo želela da vidi koncert svog idola. Od tog trenutka, njihovi životi će se promeniti. Dok flota nastavlja da se bori protiv ove nove pretnje, sudbine ovih troje ljudi biće isprepletene.