Narumi Kato je sredovečni čovek koji pati od bizarnog sindroma zonapha: retke i neobjašnjive bolesti zbog koje žrtve imaju nasumične teške napade, a jedini lek je da gledaju kako se neko smeje. Jednog dana, dok je Narumi radio, na njega naleće dečak sa ogromnim koferom koji beži od troje odraslih. Dečak se predstavlja kao Masaru Saiga, novi vlasnik čuvenog preduzeća Saiga, usled smrti njegovog oca. Međutim, drugi članovi njegove porodice pokušavaju da ga ubiju i uzmu bogatstvo za sebe. Odlučan da spase dete, Narumi pomaže Masaruu da pobegne i na kraju se bori sa progoniteljima, samo da bi otkrio da su to svesne ljudske lutke sa nadljudskom snagom. Baš kad je Narumi trebalo da izgubi, belokosa devojka se iznenada uključuje u borbu i priziva još jednu lutku iz dečakovog kofera, tvrdeći za sebe da je Širogane, Masaruov staratelj. Karakuri Circus je priča koja prati tri osobe iz različitih sredina čije se sudbine prepliću i razilaze, dok razotkrivaju misterije drevne priče o ljubavi i izdaji, i duge borbe između ljudi i lutaka.