Nakazna čudovišta, poznata kao "kaiju", već godinama se pojavljuju širom Japana. Kako bi se borili protiv ovih zveri i zaštitili civile, elitna vojna jedinica po imenu Odbrambene snage, svakodnevno se izlaže riziku. Nakon što čudovište bude ubijeno, ostaje na na "čistačima", zaposlenima u Agenciji za profesionalno uklanjanje kaijua, da se otarase leša. Tridesetdvogodišnji Kafka Hibino nezadovoljan je svojim poslom čistača. Od malena, maštao je da se pridruži Odbrambenima snagama i ubija kaijue. Ali, nakon nekoliko neuspelih pokušaja, odustao je od tog sna i pomirio se sa mediokritetnim poslom koji pruža solidnu zaradu. Međutim, kada se ambiciozni osamnaestogodinšnjak, Leno Ichikawa, pridruži njegovom čistačkom timu, u Kafki se ponovo probudi stara želja. Sledom nesrećnih dešavanja, Kafka se susretne sa parazitskim kaijuom koji mu nasilno uđe u usta i pretvori ga u humanoidno čudovište. Sa ovim novostečenim moćima, Kafka odlučuje da još jednom pokuša da ostvari svoj životni san.