Kada vanzemaljski organizmi zvani "Monstrumi" napadnu čovečanstvo, jedina stvar koja može zaštititi čovečanstvo je oružje zvano "100". Hayato Kisaragi je tinejdžer koji je postigao veoma dobre rezultate kompatibilnosti sa oružijem "100", zbog toga je pozvan da usavrši svoje sposobnosti na "Malom ostrvu" prestižnoj vojnoj akademiji koja se nalazi na ratnom brodu.