U postapokaliptičnom svetu, poslednje preostalo ljudsko naselje u Japanu je jako utvrđeni grad Tokio-3. Četrnaestogodišnji Shinji Ikari doveden je u sedište NERV-a, podzemne organizacije koju vodi njegov otuđeni otac Gendou. On traži da Shinji postane pilot "Evangeliona", kolosalnog androida napravljenog za borbu protiv monstruoznih i destruktivnih vanzemaljskih stvorenja poznatih kao "Anđeli" koja nanose štetu pustošenju planete i ugrožavaju opstanak preostale ljudske rase. Iako u početku nerado, Shinji je pokoleban idejom da se pomiri sa svojim ocem, i pristaje da pomogne u opasnim poduhvatima čovečanstva protiv njegove vanzemaljske pretnje, kao pilot jedinice Evangelion-01. Gurnut usred opasnog bojnog polja, Shinji mora pronaći potrebnu hrabrost i odlučnost da se suoči sa upadima Anđela pre nego što bude prekasno.