Organizacija „Vrhovno očajanje”, koja je izazvala „Najveći, najužasniji i najtragičniji događaj u ljudskoj istoriji”, umalo nije uništila svet. Kako bi spasli ovaj svet od haosa tog događaja, oformljena je Fondacija Budućnost. Iako organizacija nastavlja sa aktivnostima da povrate svet, Makoto Naegi je pod sumnjom da je izdajnik zbog toga što je štitio Ostatke očajanja. Članovi Fondacije Budućnost okupili su se da odluče o njegovoj kazni, ali ih je na kraju na mestu gde su se okupljali sve zarobio Monokuma, koji zahteva da počnu sa „Konačnim ubijanjem”. <br /> Na zglobove su im stavljeni čudne narukvice, i u određenom trenutku bivaju uspavani. Da svari budu još gore, izgleda da među njima postoji pravi izdajnik koji dolazi da ubije članove Fondacije Budućnost. U ovoj igri gde ne postoje odeljenski ispiti, jedini način da se otarase izdajnika je da ga pronađu i smaknu. Naegi je prisiljen da se suoči sa igrom vrhovne smrti - igrom na život ili smrt. Priča o očajanju u kojoj nada ubija nadu počinje.